Im Jahr 2034, zwei Jahre nachdem Motoko Kusanagi (Stimme im Original: Atsuko Tanaka) die geheime Ermittlungseinheit Sektion 9 als Chefin verlassen hat, ist Togusa (Kôichi Yamadera) Anführer der Anti-Terror-Elite-Gruppe, die nun einer neuen Gefahr Einhalt gebieten muss. Der Terrorismus im virtuellen Netz ist schlimmer denn je und hinzu kommen noch ...