Als SG-1 glaubt, die Überreste der verlorenen Stadt der Antiker - die Erfinder des Stargates - entdeckt zu haben, beginnt das Stargate-Kommando mit der Untersuchung. Ein neues Forscherteam, geleitet von der Zivilistin Dr. Elizabeth Weir, reist zu der weit entfernten Pegasus-Galaxie, wo sie eine hoch entwickelte, aber verlassene Stadt auf dem Grund eines Ozeans entdecken.
Es geht um eine Gruppe von Soldaten, Wissenschaftler und Zivilisten, die auf einem von einer alten außerirdischen Rasse gebauten Raumschiff festsitzen und unerforschte Regionen des Universums erkunden. Ihr Ziel ist es einen Weg zu finden, wieder auf die Erde zurückzukehren.