Nach dem Sieg über Tsukasas Imperium in den Stone Wars liegt der Fokus nun auf der Erforschung der Welt, um die Zivilisation weiter voranzubringen und die Ursprünge des mysteriösen Versteinerungslichts zu ergründen. Mit Hilfe eines neu gebauten Schiffs, der Perseus, bricht Senku (Stimme im Original: Yûsuke Kobayashi) mit seinen Verbündeten zu einer epischen Seereise auf. Ihr Ziel ist es, die Ressourcen und das Wissen zu finden, die sie benötigen, um Technologien wie moderne Energiequellen und Kommunikationssysteme zu entwickeln. Dabei stoßen sie auf neue Gefahren, Herausforderungen und unbekannte Territorien. Auf ihrer Reise treffen sie auf neue Verbündete und Gegner, darunter eine fortschrittliche Gemeinschaft, die das Geheimnis der Versteinerung möglicherweise kennt. Währenddessen müssen sie sich nicht nur der rauen Natur und gefährlichen Feinden stellen, sondern auch den Rätseln der Vergangenheit, die die Welt ins Steinzeitalter zurückgeworfen hat.