In der dritten Staffel verdichten sich die Verbindungen zwischen geheimen Netzwerken, ausländischen Agenten und persönlichen Loyalitätskonflikten. Joe (Zoe Saldaña) gerät zunehmend in einen Zwiespalt zwischen ihren beruflichen Aufgaben und ihrem Privatleben, während verborgene Akteure beginnen, Einfluss auf ihr Umfeld zu nehmen. Unerwartete Muster treten zutage, Namen verschwinden und vertraute Strukturen geraten ins Wanken. Unter der Leitung von Kaitlyn (Nicole Kidman) und Westfield (Michael Kelly) sieht sich Joe Gegnern gegenüber, die aus dem Schatten heraus agieren. Die Entwicklungen führen sie schließlich in einen Konflikt, der längst alle Bereiche ihres Lebens erfasst hat.