Die dritte Staffel führt die Geschichte einer dystopischen Gemeinschaft von 10.000 Menschen fort, die unter ungeklärten Umständen tief unter der Erde lebt, und verknüpft sie mit einer Ursprungserzählung, die Jahrhunderte zuvor einsetzt. In der Gegenwart überlebt Juliette Nichols (Rebecca Ferguson) ihre erzwungene „Reinigung“, kehrt jedoch ohne Erinnerungen zurück. Während sich das Silo von einer Rebellion erholt, zeichnet sich zugleich eine neue, bedrohliche Gefahr ab. Parallel dazu stoßen die Journalistin Helen Drew (Jessica Henwick) und der Kongressabgeordnete Daniel Keene (Ashley Zuckerman) in der Vergangenheit auf eine weitreichende Verschwörung, deren Entdeckung eine Kette von Ereignissen mit irreversiblen Konsequenzen in Gang setzt.