Das X-Men-Team wird über verschiedene Zeitebenen hinweg voneinander getrennt. Während sie darum kämpfen, wieder zueinander und zurück in ihre eigene Zeit zu finden, spitzt sich die Lage in den 1990er-Jahren dramatisch zu. In ihrer Abwesenheit wächst nämlich das Misstrauen gegenüber Mutanten weiter und durch neue Bedrohungen wächst auch die Ablehnung immer mehr, wodurch die Welt für Mutanten noch gefährlicher wird.