In Staffel zwei verlässt Xavier Paradise (Sterling K. Brown), um Teri (Enuka Okuma) zu finden, und erlebt, wie die Außenwelt drei Jahre nach „Dem Tag“ weiterexistiert. Seine Reise zeigt, welche Strategien die Menschen entwickelt haben, um unter den neuen Bedingungen zu überleben. Währenddessen verändert sich in Paradise das Zusammenleben spürbar. Der Bunker steht weiterhin unter dem Einfluss der dramatischen Vorfälle aus der ersten Staffel und die Gemeinschaft wird zunehmend auf die Probe gestellt. Dabei treten neue Informationen über die geheimnisvollen Ursprünge der Stadt ans Licht, die das bisherige Verständnis der Bewohner infrage stellen.