G. Callen (Chris O'Donnell) ist weiter auf der Suche nach Informationen über seine Herkunft und seinem Namen. Auch seine Teamleiterin Henrietta Lange (Linda Hunt) stellt Nachforschungen an – im Rahmen der sogenannten "Operation Comescu". Um sich darauf konzentrieren zu können gibt sie vorübergehend ihre Position als Operations Manager der Einheit an Senior Special Agent Lauren Hunter (Claire Forlani) ab.
Während Callen gemeinsam mit Sam Hanna (LL Cool J) und den anderen Kollegen Fälle bearbeitet, wird er das Gefühl nicht los, verfolgt zu werden...