Wunderknabe Shinji Ikari (Megumi Ogata) hat mit Mühe, Glück und einer Prise Schicksal die planetare Katastrophe des Second Impact überlebt. Unter dem Schutz seines geheimnisvollen Wissenschaftlervaters Gendo Ikari (Fumihiko Tachiki) wird er nun zu einem Piloten der Evangelion-Kampfgiganten ausgebildet. Tatkräftige Unterstützung erhält er dabei von den beiden Pilotinnen Mari Illustrious Makinami (Maaya Sakamoto) und Asuka Langley Shikinami (Yûko Miyamura). Auf ihnen ruht die letzte Hoffnung der Menschheit in einer Schlacht gegen die monströsen "Engel", die von Zeit zu Zeit vom Himmel herabsteigen und ihr Unheil auf der Welt anrichten. Schon sehr bald müssen Shinji und seine Freunde einen Third Impact verhindern, ehe das Leben auf der Erde eine weitere, diesmal endgültige Veränderung erfährt.
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