Nach einer katastrophalen Expedition in die Arktis, bei der ihre Zwillingsschwester ums Leben kommt, wird die Meereswissenschaftlerin Lee Crane (Daisy Ridley) in ein geheimes Regierungsprogramm aufgenommen. Im Mittelpunkt steht das hochmoderne U-Boot USS Seaview, das jahrzehntelang im Eis eingeschlossen war und mit rätselhaften Symbolen aus einer scheinbar unbekannten Vergangenheit übersät ist. Als sich herausstellt, dass sich das Schiff nur in Lees Anwesenheit aktivieren lässt, übernimmt sie das Kommando über die Besatzung. Gemeinsam brechen sie zu gefährlichen Missionen in die Tiefen der Ozeane auf, um mysteriöse Kräfte daran zu hindern, in die Welt der Menschen einzudringen. Dabei stoßen sie auf Hinweise zu einem ausgelöschten Kapitel der Menschheitsgeschichte und zur sagenumwobenen Stadt Atlantis.
