Nach seiner Rückkehr nach Irlam erkennt Subaru (Stimme im Original: Yûsuke Kobayashi), dass die vermeintlich friedliche Zeit nur von kurzer Dauer ist, da das Dorf durch verheerende Angriffe der Sin-Erzbischöfe stark zerstört wurde. Von Verzweiflung überwältigt, merkt er, dass seine Fähigkeit, durch den Tod die Zeit zurückzusetzen, ihn diesmal nicht wie gewohnt hilft. Gemeinsam mit Emilia (Rie Takahashi) und seinen Verbündeten begibt er sich zum Heiligtum, um Antworten zu finden. Dort trifft er auf die geheimnisvolle Hexe der Gier, Echidna (Maaya Sakamoto), die ihn dazu zwingt, sich mit seiner Vergangenheit und möglichen Zukunft auseinanderzusetzen. Währenddessen rückt eine neue Bedrohung näher, die das Heiligtum und alle dort lebenden Menschen in große Gefahr bringt.