Als SG-1 glaubt, die Überreste der verlorenen Stadt der Antiker - die Erfinder des Stargates - entdeckt zu haben, beginnt das Stargate-Kommando mit der Untersuchung. Ein neues Forscherteam, geleitet von der Zivilistin Dr. Elizabeth Weir, reist zu der weit entfernten Pegasus-Galaxie, wo sie eine hoch entwickelte, aber verlassene Stadt auf dem Grund eines Ozeans entdecken.
In der nahen Zukunft wurde ein Großteil der Menschheit von einem hochansteckenden Virus dahingerafft. Doch auf einem Marine-Zerstörer hat eine Gruppe von Personen (u.a. Eric Dane und Rhona Mitra) die Katastrophe überstanden und forscht nun nach einem Heilmittel.
Die Doktorin Helen Magnus stellt sich ein Team zusammen, um Monster auf der Welt zu fangen, die geheim bleiben sollen und um sie untersuchen zu können.