Eine Gruppe von Skrulls hat mithilfe ihrer Fähigkeit, die Gestalt zu wandeln, die Erde bis in die höchsten Kreise infiltriert. Um die Menschheit vor den Außerirdischen zu retten, kehrt der ehemalige S.H.I.E.L.D.-Direktor Nick Fury (Samuel L. Jackson) von seiner Weltraum-Mission zurück und tut sich erneut mit dem Skrull Talos (Ben Mendelsohn) und seiner früheren Verbündeten Maria Hill (Cobie Smulders) zusammen. Während die Alien-Verschwörung Fury selbst zur Zielscheibe werden lässt und in all dem auch Talos’ Tochter G'iah (Emilia Clarke) und die MI6-Agentin Sonya Falsworth (Olivia Colman) nicht unbedingt gut auf den Spion zu sprechen sind, muss sich der einstige Federführer der Avengers-Initiative mit seinen vergangenen Entscheidungen auseinandersetzen und vor allem fragen, wem er überhaupt noch vertrauen kann.