Toby Edward Heslewood Jones wurde am 7. September 2966 in London, England, als Sohn von Freddie Jones, der ebenfalls Schauspieler ist, geboren. In den frühen 80er Jahren ging er in Oxfordshire auf die Schule und studierte anschließend an der University of Manchester von 1986 bis 1989 und bis 1991 an der L’École Internationale de Theéàtre Jacques Lecoq in Paris Schauspiel.

Zunächst spielte Toby Jones an der Abingdon School in einigen Theater-Aufführungen mit, bis er 1992 seine erste Filmrolle in Sally Potters „Orlando“ mit Tilda Swinton in der Hauptrolle erhielt. Bis zum Jahr 1998 spielte er lediglich noch in zwei Filmen kleinere Rollen und auch danach war er bis auf das Biopic „Kaltes Blut“ (2006), bei dem er Truman Capote verkörperte. In „Harry Potter und die Kammer des Schreckens“ (2002) sowie in „Harry Potter und die Heiligtümer des Todes - Teil 1“ (2010) lieh er dem Haus-elfen Dobby seine Stimme. Zudem war Jones in dem Drama „Wenn Träume fliegen lernen“ (2004) an der Seite von Johnny Depp und Kate Winslet zu sehen, als Swifty Lazar in „Frost/Nixon“ (2008) als Claudius Templesmith in „Die Tribute von Panem – Tödliche Spiele“ (2012) mit Jennifer Lawrence, in „Captain America – The First Avenger“ (2011) und als Coll in „Snow White and the Huntsmen“ (2012).

Toby Jones hat mit seiner Frau Karen zwei Töchter, Madeleine und Holly.